左侧巧克力囊肿3cm自然怀孕的几率大。但巧克力囊肿是否能怀孕，需要根据疾病进展的程度。如果巧克力囊肿刚刚形成，囊肿才3cm，没有任何症状，囊肿也没有破过，没有影响到正常的解剖结构，输卵管通畅，功能正常，怀孕几率就很高。正常的夫妻同房一年怀孕的几率70%-80%左右。

对于单侧巧克力囊肿的人来说，妊娠率是相对较高的。当巧克力囊肿的直径小于3厘米时，不会影响怀孕；直径大于3厘米时，需要注意防止其破裂；如果超过5厘米，则最好进行手术。囊肿越大，不孕的机会越大，以下是囊肿对于怀孕的几率：

1、＜3cm概率为70-80%：如果囊肿的直径小于3㎝，属于微小病变，大多不会影响周围组织器官，此时怀孕的几率70%-80%左右；

2、5—6cm概率为60%：随着疾病的发展，巧克力囊肿直径达到5-6㎝时，盆腔解剖结构可能会发生改变，盆腔内微环境紊乱，导致免疫功能异常，损坏卵巢功能并降低子宫内膜容受性，不仅影响怀孕，还极易引发急腹症，造成流产和大出血的现象，此时怀孕的几率为60%且最好进行手术治疗。

3、10-20cm易导致不孕症：直径达到10-20㎝的巧克力囊肿，可能会出现卵巢、输卵管周围粘连，进而影响精卵结合及运输，导致患者出现不孕症。

总之，如果备孕期女性出现巧克力囊肿，要及时去进行治疗，以免巧克力囊肿影响怀孕。此外，患者要在医生的指导下用药，不能擅自用药治疗。