如果有6厘米巧克力囊肿想要怀孕那么首先要做的就是及时去医院做治疗，一般患有巧囊的女性只要及时前往医院进行药物或者手术治疗后自然怀孕的几率还是很高的，接受治疗后就要尽快同房，可以选择在排卵期同房受孕几率更大一些，当然了能否怀孕成功还要看病情的程度及术后恢复情况。

6厘米巧克力囊肿已经可以威胁到卵子的数量，这样很容易让女性出现继发性不孕症，所以这个时候一定要及时去医院做检查，然后在专业医生的指导下确定好治疗方案，治好之后就要抓紧时间同房，一般只要另一般身体状况良好，那么就能快速怀孕。一般来说巧囊患者想要怀孕可采用的方式有以下这几种：

1、检测卵泡：巧囊症状不严重的可以通过监测卵泡的方法进行备孕，等卵泡成熟后进行同房，可以达到快速自然怀孕的目的;

2、使用药物：可以通过服用促排卵的药物的方法达到快速自然怀孕的目的，比较常用的促排卵药物是氯米芬，不过要在医生的指导下使用;

3、手术治疗 如果患者巧囊比较严重，建议采取手术治疗的方法，这样才能改善宫腔环境，去除导致不怀孕的炎症介质，达到快速自然怀孕的目的。

总之患有6厘米巧克力囊肿一定要及时就医治疗，然后根据情况看是否需要通过手术治疗，治疗后的半年内是备孕的绝佳时机，这个时候可以通过卵泡监测掌握好排卵时间，在排卵期同房受孕会更成功。