45天空孕囊自己流掉一般不会晚于三个月。空孕囊现象是胎停的一种，发生后多会产生自然流产，这也是人体自身优胜劣汰的结果。尽管不同的女性的体质存在着比较大的差异，发生流产的时间也存在着不同，但一般来说空孕囊会在三个月内自然流产流掉。

空孕囊指的是女性已经在宫腔中形成孕囊，但在之后的生长中没有胚胎的情况。一般来说，如果检查确定是空孕囊，在三个月内这种空孕囊会自然流产掉。而对于空孕囊的排出，会有以下时间线：

1、诊断确认：首先，通过超声波检查或其他医疗检查确认患者是否存在空孕囊。医生会评估孕囊的大小和位置，此时可以选择清宫手术或者自然流产；

2、等待自然流产：如果选择自然流掉空孕囊，通常需要等待一段时间，因为孕囊可能会自然消退或发生自然流产。这个时间最晚不会超过3个月；

3、流产期注意观察：在等待自然流产期间，患者需要密切观察自身的身体变化和症状。若在此期间发生流产，会出现出血、腹痛等情况；

4、检查复查：当流产后，医生会要求患者进行进一步的检查来确认孕囊已经自然流掉。这可能会包括再次进行超声波检查。

总之，空孕囊自己流掉一般不会晚于三个月。但需要注意的是，若是第一次怀孕即出现空孕囊，不要盲目流产，建议到医院检查明具体的情况针对性的治疗，以免导致不良反应，错过最佳的受孕年龄。