多囊卵巢患者的短效降调和长效降调的区别在于治疗时间和使用药物上等方面。短效降调能够更迅速地抑制卵巢功能，控制排卵，减少卵巢过度刺激的风险，持续时间约为10-14天。然而，由于治疗时间相对较短，有时会导致卵泡发育不充分，影响卵子的质量。长效降调则能够更好地调控卵巢功能，增加卵泡发育的时间和质量，提高受孕成功率，持续时间约为2-3个月。

多囊卵巢患者进行试管婴儿治疗时，通常会使用短效降调和长效降调两种不同的卵巢抑制方案，短效降调适用于多囊卵巢较轻患者，长效降调适用于卵巢功能异常的患者。除此之外这两种方案在治疗过程和效果上存在一些区别。

1、短效降调方案：通常是在月经周期的第二天开始使用，通过注射短效促排卵药物来抑制卵巢功能，阻止卵泡的发育。短效降调方案的治疗过程相对较短，一般持续约2周。在此期间，患者需要每天注射药物，并通过血液检测和B超监测来确定卵巢的抑制效果。一旦卵巢被成功抑制，医生会停止注射短效促排卵药物，并开始下一步的治疗，如促排卵和取卵;

2、长效降调方案：通常是在月经周期前的第21天开始使用，通过给予长效促排卵药物，如GnRH agonist或GnRH antagonist，来抑制卵巢功能。长效降调方案的治疗过程相对较长，可以持续数周至数月。在此期间，患者需要每天注射或口服药物，并进行定期的血液检测和B超监测来评估治疗效果。一旦卵巢被成功抑制，医生会停止使用促排卵药物，并开始下一步的治疗。

综上，短效降调方案的治疗过程相对较短，适用于需要较快进行试管婴儿治疗的患者。而长效降调方案的治疗过程相对较长，适用于需要更充分抑制卵巢功能的患者。具体采用哪种方案，应根据患者的具体情况和医生的建议来决定。