5个囊胚pgs筛查全军覆没的原因可能是基因突变的问题导致的，如果试管双方都有遗传疾病，或者是精子卵子质量不好，那么就有可能导致所有的囊胚都是异常的情况，另外也不排除是由于实验室的技术不够先进，检查出现误差导致，此外还有一些其他的不可控因素也会导致囊胚筛查全军覆没。

通过三代试管5个囊胚PGS筛选成功率还是比较高的，一般来说约为50%，但是有的可能会遇到囊胚pgs筛查全军覆没的情况，这种可能是由于基因突变问题、实验室技术问题以及其他不可控因素问题导致，具体如下：

1、基因突变问题

pgs筛查主要是对胚胎的染色体进行筛查，而囊胚是由精子和卵子结合而成的，若是精子和卵子本身有遗传异常问题，或者是质量较差，那么想形成受精卵的过程中可能会出现基因突变的情况，从而导致胚胎染色体异常pgs筛查不通过。

2、实验室技术问题

如果不是由于囊胚本身的因素导致，那么就有可能是由于实验室技术的问题，因为在筛选的过程中会使用到各种实验室设备，但是即使是人工和设备，都不不能保证百分百的准确，特别是针对实验室技术和设备不先进的情况，其误差率就越高。

3、不可预测的因素

有时候即使技术和样本都没有问题，也可能出现异常结果，这可能是由于不可预测的因素导致的，例如突变或其他未知因素。

根据以上影响因素来看，如果是双方存在染色体一场的情况下出现全军覆没是正常的，毕竟要从那么多的异常胚胎里面挑选出正常的来是不容易的，但是一般正常情况5个囊胚做PGS筛查全军覆没的这种情况是很低的，所以如果没有遗传疾病情况的试管患者不用过于担心，保持良好心态等到筛查移植即可。