员工怀孕请假超过三个月公司不可以直接开除。根据《中华人民共和国劳动法》的规定，员工在怀孕期间享有特殊保护，公司不能因为她们怀孕而解除劳动合同。因此，员工在怀孕期间请假超过三个月后，仍然享有继续工作的权利。如果公司强行开除她们，员工可以依法维权，要求恢复劳动关系或者获得相应的经济补偿。

根据中国劳动法规定，员工怀孕请假需要得到充分的保护和尊重。在大多数情况下，公司不得因为员工怀孕请假三个月以上而直接开除员工。但是以下一些情况，公司是可以考虑解雇员工：

1、严重违反公司的行为准则或员工纪律：如果员工在怀孕期间违反了公司的行为准则，例如盗窃、欺诈或其他严重违规行为，公司是可以考虑解雇员工。解雇员工的前提应该是因为违反行为准则，而不是因为员工怀孕;

2、工作能力严重受到影响：当员工在怀孕期间无法履行工作职责，且经过合理的调整和安排后仍然无法满足工作要求，那么公司就可以开除员工;

3、公司经营需要：假如公司面临严重的经营困难或重组，公司也可能开除员工，但是在这种情况，公司需要应该根据合理的程序和标准来进行解雇，例如提前通知员工、支付相应的赔偿或遵循其他合理的解雇程序。

综上，员工怀孕请假超过三个月后，公司是否可以直接开除她们，需要根据具体情况来判断。从法律层面来看，公司在员工怀孕期间是无权直接开除她们的，而从公司政策角度来看，如果公司的政策与法律规定一致且合理，那么公司是有权直接开除员工的。