医生不建议长期吃乳糖酶的原因是大多数人本身就不需要吃乳糖酶，而且乳糖酶会带来一些副作用，例如会影响宝宝的消化功能和整体健康、破坏肠道内的微生物平衡导致过敏反应等等，最重要的是，长期依赖含有乳糖酶的食物可能会使宝宝产生依赖性，不利于宝宝的饮食多样性和营养摄入。

乳糖酶是一种帮助消化乳糖的酶，在某些情况下可以缓解宝宝的消化不适，但是通常情况下医生往往会提醒家长，不建议小宝宝吃含有乳糖酶的食物，因为长期依赖含有乳糖酶的食物可能会带来一系列潜在的风险，留影响宝宝的生理发育、营养需求等多个方面，具体如下：

1、影响消化道发育：小宝宝的消化系统在成长过程中会逐渐完善，从只能消化母乳或特定食物逐渐过渡到能够消化更多种类的食物。在这个过程中，宝宝需要逐渐适应并学习如何消化不同的食物成分。乳糖酶是帮助消化乳糖的酶，长期依赖含有乳糖酶的食物可能会干扰宝宝自然消化过程的发展。

2、导致肠道菌群紊乱：服用乳糖酶时，如果没有结合自身情况和医生建议，可能导致乳糖酶作用过多，可能会影响肠道健康，从而引起肠道菌群紊乱。

3、过敏反应：乳糖酶是一种活性酶，在人体内能够自行生产，通常人们不需要通过外服乳糖酶进行补充，自行补充可能导致过敏反应，宝宝出现皮疹、腹泻、呕吐等症状，严重时甚至可能危及生命。

4、依赖性：如果宝宝长期依赖含有乳糖酶的食物，那么在将来需要断奶或改变饮食习惯时，可能会遇到更多的困难，这种依赖性可能会影响到宝宝的饮食多样性和营养摄入。

因此，医生通常会建议家长在宝宝的饮食中保持均衡和多样性，避免长期依赖某种特定的食物或成分，同时，家长也应该密切关注宝宝的身体状况和饮食习惯，如果确实需要吃乳糖酶的话，在服用一段时间症状减轻之后要减少用量，直到改为正常的饮食即可停止服用。