还剩一侧输卵管做试管囊胚移植后可能会宫外孕，这是因为在移植过程中，胚胎有可能从子宫腔移动至输卵管中，特别是在输卵管末端与子宫相连接的部位(间质部)发生宫外孕。此外，如果存在某些促进胚胎迁移的因素，如子宫内膜环境不佳或胚胎移植技术问题，也可能增加宫外孕的风险。
在选择进行试管婴儿技术时，医生会将胚胎会直接放置于子宫腔内，从而减少输卵管捕获胚胎的机会，虽然做试管婴儿导致宫外孕的可能性很低，但不排除有宫外孕的可能。除了输卵管通畅性之外，还有多种因素可能影响宫外孕的风险，包括：
1、输卵管发育不良或功能异常
输卵管过长、肌层发育差、黏膜纤毛缺乏、双输卵管、输卵管憩室或有输卵管副伞等，均可造成输卵管妊娠。输卵管功能：如蠕动、纤毛活动以及上皮细胞分泌，受雌孕激素调节，若调节失常，可影响受精卵正常运行。此外，精神因素也可导致输卵管蠕动异常，影响受精卵运送。
2、炎症或感染
妇科炎症，如阴道炎、宫颈炎都可能上行感染到输卵管，形成输卵管炎症。术后，人体本身的防御机制遭到影响，输卵管易受细菌感染，招致输卵管四周组织炎，容易导致宫外孕发病率增高。
3、有过宫外孕病史者
有过一次宫外孕，再次发生宫外孕的概率就较高。宫外孕治疗时保留输卵管者，再发生宫外孕的比例较高，但重复宫外孕也常发生在对侧输卵管，提示可能两侧输卵管都存在同一种潜在的功能障碍。
4、吸烟者
目前认为吸烟是宫外孕独立的危险因素之一，烟草中的尼古丁被认为能够干扰输卵管的正常运行，同时还可能导致盆腔炎，从而增加了发生宫外孕的风险。
5、辅助生育技术
如人工授精、体外受精、胚胎移植等，均有可能发生宫外孕，其发生率为2%左右。相关的因素有术前输卵管的病变、盆腔相关手术史、胚胎移植技术、置入胚胎的数量和质量、体内激素环境、胚胎移植时移植液过多等。
综上，即使只剩一侧输卵管通畅，通过试管婴儿技术进行囊胚移植的女性仍有一定的宫外孕风险。然而，通过综合评估个体风险、优化移植技术和密切监测，医生可以有效管理并降低这一风险。
